La obra, que formaba parte de un tríptico junto con la Crucifixión entre María y San Francisco, destruida, y la María Magdalena también en la Academia de Florencia, es quizás recordada por Vasari en la destruida iglesia de San Ruffillo (antiguamente en la plaza dell'Olio), pero hay dudas sobre su nota, que quizás estaba equivocada.

En el siglo XVIII el retablo fue desmembrado y el compartimento central, después de varios pasajes, acabó destruido en un incendio en Berlín durante la Segunda Guerra Mundial.

San Juan Bautista aparece en un nicho simulado, vuelto hacia la derecha, demacrado y flaco, con su túnica corta de piel con el pelo vuelto hacia dentro, el cabello descuidado, los pies descalzos, sujetando contra sí la vara cruciforme que es su atributo, la expresión patética, trasluciendo el dolor físico y espiritual de la penitencia en el desierto.

Semejante representación fue seguramente requerida por el comitente, en referencia a la austera religiosidad promovida por Girolamo Savonarola durante sus sermones: el estilo es sencillo y esbelto, como en las pinturas de principios del siglo XV.

A diferencia de otros artistas Filippino no manifestó particulares influencias derivadas de las predicaciones y de los acontecimientos del fraile ferrarés, adaptando con desenvoltura, según el cliente, el propio estilo, ya en tono austero, ya en suntuoso.