San Juan es la sexta estación de la línea 1 del Metro de Lima y Callao.
La estación está a nivel de superficie.
El ingreso a la estación se realiza desde las veredas de la avenida Los Héroes, a través de puentes peatonales que conectan con el segundo nivel de la estación (Zona Torniquetes y Boletería).
Las plataformas norte y sur se encuentran en el primer nivel, y están conectadas internamente.
Es accesible para personas con movilidad reducida, ya que cuenta con ascensores.