Lo que hoy es la población de San José Chiapa tiene su origen en un asentamiento de grupos nahuas dominados por la cercana Tepeaca, en ese momento una importante y fuerte guarnición mexica, tras la conquista española recibió el patrocinio de San José y se convirtió en un punto de paso entre el camino de Puebla al puerto de Veracruz.

[8]​ San José Chiapa se encuentra en el oriente del estado de Puebla, su municipio pertenece a la Región III de Ciudad Serdán, y en los extensos Llanos de San Juan, situados entre la Malinche al oeste y el Pico de Orizaba al este.

Aunque no lo atraviesa ninguna corriente fluvial, en las cercanías de la población se forman en época de lluvias sitios pantanosos o lodazales formados en depresiones del terreno plano y que dieron origen el nombre náhuatl de la población.

[6]​ Estas depresiones inundables son similares a las que forman, al noreste de la población, la Laguna de Totolcingo.

Sus coordenadas geográficas son 19°14′38″N 97°46′12″O / 19.24389, -97.77000 y tiene una altitud de 2 367 metros sobre el nivel del mar, dista aproximadamente 60 kilómetros de la capital del estado, la ciudad de Puebla de Zaragoza, hasta el noreste, estando comunicada con ella por la Carretera Federal 129 que además la une con las muy cercanas poblaciones de Nopalucan, Acajete y Rafael Lara Grajales hacia el sur, y hacia el norte con el El Carmen Tequexquitla en Tlaxcala y con Teziutlán en Puebla.