[3]​ El municipio de San Isidro se divide, a los efectos administrativos, en 9 barangayes o barrios, conforme a la siguiente relación:[4]​ San Isidro fue capital de la provincia de Nueva Écija entre los años 1850 y 1917.

En 1896 tras el conocido como Grito de Nueva Écija, los revolucionarios de Cabiao se dirigen a San Isidro para atacar al gobierno provincial español, asedian la plaza 500 hombres, resultando muerto en combate el comandante de la Guardia Civil.

En 1899 Emilio Aguinaldo resiste ante la ocupación estadounidense de Filipinas, San Isidro fue sede de la Primera República Filipina, estableciendo su cuartel general en la hoy conocida como Crispulo Sideco House.

En San Isidro el general norteamericano Frederick Funston planea la captura de Aguinaldo para poner fin a la Guerra Filipino-Americana.

La conocida como Casa de Críspulo Sideco, o también Kapitang Pulong, es un edificio colonial construido por su propietario en el siglo XIX.