San Isidro es un municipio del departamento de Intibucá en la República de Honduras.
Su nombre es en honor al Santo Patrón Isidro Labrador.
[2] Está situado cerca de los Río Cicaguara y Río Cirima.
En 1896, en la División Política Territorial de 1896 aparece como una aldea del Municipio de Jesús de Otoro.
En 1925, los vecinos piden la creación del municipio.