Una fuerte luz incide sobre su figura, cuyos tonos pardos y tostados destacan contra la penumbra y el crepuscular paisaje del fondo, donde la presencia de una choza sugiere que el santo no está completamente aislado.

Se apoya contra una roca aplanada, sobre la que descansa un libro.

[6]​ Porta un cráneo en su mano derecha, y lleva un sayal —muy remendado y con la capucha retirada—origen del hábito de los hermanos menores descalzos[7]​, rama franciscana reformada que Zurbarán debió conocer ya en su juventud.

[8]​ Pintados con gran realismo, el cráneo —símbolo de mortalidad— y el libro, forman un bodegón dentro del cuadro.

El pintor representa con gran naturalismo tanto las manos del santo —en la derecha se ve un estigma— como el lado derecho de su hermoso rostro —un verdadero retrato— moreno, barbado, de fuerte nariz y pómulo pronunciado.