El primitivo nombre del pueblo fue Achuluapa, que en lengua indígena significa 'lugar de los renacuajos'.

Más tarde, los españoles lo llamaron Zapota debido a la abundancia de árboles de zapote en la región.

Para resolver las rencillas entre los ladinos y los indígenas, intervino el Obispo Francisco de Campoy y Pérez, quien logró mediar en la situación y propiciar una tregua que culminó con la firma de un tratado de paz.

En honor a su intervención, el nombre de Zapota fue cambiado al de San Francisco, por el Obispo mediador, y se añadió 'de la Paz' en conmemoración del acuerdo alcanzado entre ambos grupos.

En 1889, en la División Política Territorial era un municipio que pertenecía al curato de Manto.