Francisco significa "aquel que ha sido liberado" y proviene de la antigua voz francesco.

Sanctus es una modificación del vocablo sak que genera los sentidos de “honrar, reverenciar, respetar, estimar, venerar, glorificar, hacer inviolable algo por un acto religioso, establecer de una manera inmutable, ordenar, decretar, sancionar”.

Estos últimos se situaron hacia la parte sur-oriental del actual municipio, en el sector fronterizo con el municipio de El Rosal, donde establecieron un fuerte para evitar las incursiones de los panches al Zipazgo, en la Confederación Muisca.

Esta nueva encomienda fue llamada San José de Chinga Caliente; San José porque se consagró a ese santo, y caliente por distinguirla de su anterior propiedad en tierra fría.

Posteriormente, hacia 1750, estos terrenos fueron adquiridos por el señor Pedro Pulido, proveniente del municipio de Tenjo.

Esta señorita contrajo matrimonio con el ciudadano francés Francisco Convers en el año de 1833[5]​.

Así mismo, ordena construir las oficinas públicas y la cárcel, a fin de poder nombrar Autoridades Civiles.

Diversos inconvenientes acabaron con la primera planta eléctrica y la población estuvo privada del servicio por varios años, hasta que el 1 de enero de 1948 los señores Jorge Escallón y Jacobo Flórez, inauguraron la nueva planta, en la margen derecha del río San Miguel, contigua al puente de la carretera que conduce a Supatá.

En 1935, Eduardo y Hernando Luque, los hijos del General Silvestre Luque, fundaron el primer colegio masculino, que pronto pasó a ser de la parroquia, la cual fue dirigida por el Padre Francisco Cortés entre 1935 y 1942.

Al igual que el anterior, pasó a ser de la parroquia, la cual dirigió el Padre José Arquímedes Castro entre 1943 y 1953.

Ese padre fue quien inició la construcción de la Casa Cural, el Templo y el actual cementerio.

En 1965 llegó el Padre Francisco Jiménez, quien entregó el Colegio al Departamento de Cundinamarca.

Esa idea fue votada y aprobada por mayoría absoluta en el entonces Concejo de San Francisco.

En 2004 llegó a San Francisco el embajador de Francia en Colombia Daniel Parfait, las directivas del Divino Niño visitaron el colegio Louis Pasteur en Bogotá, varios docentes se capacitaron en ciencias naturales, hubo reuniones con el rector del Liceo Francés, visitas a la embajada y se introdujo el francés en el pensum académico de grado once.

Se llega por la Ruta Nacional 50, troncal Bogotá Calle 80 - Medellín, pasando por la Provincia de Sabana Occidente hasta llegar a los límites con La Vega, allí se toma una variante al oriente pasando por el puente del río Cañas hasta el casco urbano sanfrancisqueño.