El municipio lleva el mismo nombre que el de su cabecera municipal.
En 1938 se expidió un segundo decreto que cambió el nombre de la población por el de Ciudad Hernández Álvarez, en honor del gobernador Enrique Hernández Álvarez, sin embargo, pese a las distintas denominaciones que llegó a tener, la ciudad siempre fue conocida popularmente con el nombre San Felipe Torres Mochas.
Se reconoce como primeros pobladores de la región que ahora forma San Felipe a varios grupos de chichimecas nómadas; conformados por zacatecos, pames (llamados también xi'oi), guamares, y guachichiles.
La gran mayoría de estos grupos se mostraron hostiles ante la colonización española.
Después de conquista el área dónde ahora se encuentra la cabecera municipal, se comenzó la construcción de la villa siguiendo la tradicional traza urbana española.
Ambas villas eran separadas por el arroyo ahora conocido como Río Cocinero.
Ambos mandatarios reconocían también al párroco como autoridad y Juez eclesiástico de la Villa.
La parroquia del pueblo fue quemada y saqueada por insurgentes durante la Guerra de independencia, su reconstrucción la dirigió Francisco Eduardo Tresguerras a petición del señor cura Manuel Tiburcio Orozco, fueron reconstruidos casi en su totalidad el altar principal y varias capillas, aunque muchas imágenes lograron ser rescatadas de las llamas.
En 1863, durante la Segunda Intervención Francesa, en su paso a la ciudad de Monterrey, el presidente de México Benito Juárez García se hospedó en el edificio ahora conocido como Casa Juárez, en ese tiempo llamado Hotel Casino.
Los pueblos de San Felipe y Ocampo se vieron beneficiados a mediados del siglo XIX gracias a la construcción de la carretera Guanajuato - Tampico.
[7] Actualmente, la ciudad de San Felipe se integra por 23 colonias, 14 fraccionamientos, su zona centro y 489 comunidades aproximadamente.