El nombre del municipio le fue puesto en honor a san Cayetano, conocido por los comerciantes y ganaderos que nació en 1480 en Vicenza, cerca de venecia (Italia).

En la época precolombina, el territorio del actual municipio de San Cayetano estuvo habitado por los indígenas muzos y pijaos.

[5]​ El municipio hasta el año 2002 estuvo ubicado en un albergue a tan solo 2 km de la antigua cabecera municipal representando un nuevo peligro para la población.

Además de su cabecera municipal, San Cayetano tiene bajo su jurisdicción los siguientes centros poblados: Albergue, Camancha, Cuibuco y Las Mercedes.

También viajando desde Zipaquirá hacia Pacho, luego se toma una carretera sin pavimentar hasta el estadero llamado El Filo, llegando por la vereda Laguna Verde y al antiguo casco urbano actual.