Se casó en 1988 con Cristina González, con quien tuvo dos hijos, Samuel y Mateo.

En 2003 la ANAPO se funde en el nuevo partido y Moreno resulta siendo su presidente.

El 8 de julio de 2007 Moreno fue elegido como el candidato único del Polo Democrático Alternativo en consulta interna realizada entre los ciudadanos afiliados al partido, para aspirar a suceder a Luis Eduardo Garzón en la Alcaldía de Bogotá.

Tras la consulta su posición en los sondeos de opinión mejoró notablemente, llegando a ubicarse en empate técnico junto al exalcalde Enrique Peñalosa desde el mes de agosto.

Este diario ya había manifestado abiertamente su respaldo a la campaña de Peñalosa en una nota editorial.

La cadena radial La FM de RCN, que difundió la grabación en el programa conducido por la periodista Vicky Dávila, admitió que no cuenta con la entrevista original completa.

El partido consideró por tanto que dichos hechos eran una abierta y clara propaganda sucia para evitar el triunfo de Moreno quien punteaba en las encuestas.

[14]​ Incluso el entonces presidente de la República Álvaro Uribe Vélez estuvo involucrado en esta campaña de propaganda negra, pues este, a pesar de no poder participar en política según la constitución y las leyes, dijo que Bogotá se equivocaría si vota por un alcalde "apoyado por la guerrilla y que compra votos", haciendo referencia a la nota aparecida en la página de Anncol, que reproducía un informe del Semanario Voz y por la respuesta en el debate del Canal Caracol.

Sin embargo Moreno afirmó que con una buena gestión el proyecto sería viable.

Y hoy ya estamos hablando de que se quedó chiquito.

Es lo mismo que me están diciendo a mí con el tema del metro".

[24]​ Durante su periodo como alcalde decretó la plena gratuidad de la educación primaria y secundaria en todos los colegios públicos del Distrito; con esta medida se beneficiaban más de un millón de niños, niñas y jóvenes,[25]​ aunque la educación pública básica no fuera competente.

En estudios para la construcción del Metro se invirtieron cerca de 20 mil millones de pesos y se esperaba que su construcción iniciara en 2011, pero debido a dudas técnicas el proyecto fue aplazado.

[37]​ Su defensa también ha expresado que "El alcalde nunca habló con los integrantes del Grupo Nule ni con el ex representante a la Cámara, Germán Olano, sobre asuntos de contratación",[38]​ y que el procurador general de la Nación, Alejandro Ordóñez Maldonado, debe declararse impedido por prejuzgamiento.

Tras el anuncio la comisión de ética suscribió: "todo miembro del Partido que participe en la administración pública, deberá dar ejemplo de rectitud, honradez, transparencia e idoneidad, en el marco de la Constitución Nacional, las leyes, los Estatutos y fines del Partido".