El salar tiene como principal afluente al río Zapaleri que viene del norte y convierte a la cuenca del salar en una de las dos cuencas altiplánicas que tienen superficie compartida por tres países.[1]: 6 El salar se encuentra sobre la caldera del volcán Vilama a una altitud de 4300 sobre el nivel del mar y forma parte de la Reserva Nacional Los Flamencos.[2] Las características morfométricas y climatológicas más relevantes del salar son:[3]: II-77 Luis Risopatrón describe su laguna en su Diccionario Jeográfico de Chile de 1924:[4]: 869 El salar tiene un rico biosistema de fauna, entre los que destacan flamencos, vicuñas, chululos, zorros culpeo, cuy de la puna, caitíes, chorlos de la puna, patos jergón, gaviotas andinas o gansos guallata, entre otros.Igualmente goza de una rica flora en la que destacan bofedales, coirón, paja amarilla, tola de agua y tola amaia.[2] Al acceder al Salar desde la carretera 27 se pueden apreciar los Monjes de la Pacana, gigantescas formaciones rocosas verticales repartidas por el paisaje erosionadas por el viento.
