Sakina Jaffrey nació en 1962 en Nueva York.
De raíces hindúes, es la hija menor del matrimonio entre la actriz y escritora hindú Madhur Jaffrey y el fallecido actor Saeed Jaffrey, también hindú.
Sus padres se divorciaron cuando ella tenía 3 años y se fue a vivir con su padre, que posteriormente se mudó al Reino Unido.
Se graduó del Vassar College en 1984.
Ella estudió el chino mandarín en dicho colegio, pues su plan original era ser traductora, pero finalmente se convirtió en actriz.