Proveniente de una familia carlista,[1]​ fundó el Euzko Alderdi Jeltzalea - Partido Nacionalista Vasco (EAJ-PNV), partido que dirigió y por el que llegó a ser diputado provincial de Vizcaya.

En esta etapa barcelonesa entró en contacto con la obra del integrista Félix Sardá y Salvany.

[20]​ Sus artículos, la mayoría sobre temas lingüísticos e históricos, fueron recopilados en 1892, bajo el título Bizcaya por su independencia.

El cuarto fue por injurias leves y fue condenado a arresto mayor, pena que cumplió en la prisión de Larrínaga.

[28]​ En esta etapa se señalan como fundamentales otras dos manifestaciones públicas del nacionalismo vasco como son la «Sanrocada» de 1893 y la «Gamazada» de 1894, acontecimientos a los que asistió personalmente y que fueron largamente comentados en el «Bizkaitarra».

Esa tarde elementos nacionalistas queman las dos banderas españolas que lucían las dos sociedades repitiendo el «Muera España» y gritando «Viva Euskeria Independiente».

En agosto de 1897 se levantó la clausura del local social Euskeldun Batzokija, pero sus miembros decidieron no continuar con ella; el periódico Baserritarra, aparecido en mayo, fue clausurado poco después, en agosto de ese año.

Se consideran tres épocas en su evolución ideológica a partir del carlismo: Algunos de los conceptos identitarios basados en el nacionalismo romántico de la etapa inicial del pensamiento aranista y que después matizaría fueron: Una idea clave en la ideología aranista es su catolicismo, derivado de sus raíces carlistas y que contribuye y justifica sus fines independentistas.

Debido a que considera que la «catolicidad» era un elemento constituyente y esencial de la raza vasca, pues si los vascos no fueran católicos, refiere, «renegaría de mi raza: sin Dios no queremos nada».

Posteriormente, el escritor romántico suletino Joseph-Augustin Chaho sustituyó a Túbal por un patriarca ancestral llamado «Aitor».

Rechaza la estructuración de la Iglesia dividida en diócesis estatales y propugna una organización universal.

;[48]​ por otra parte sus detractores consideran que Arana profesaba ideas racistas y xenófobas, siendo este aspecto objetivo principal de sus críticas a su ideología.

Además dotó a su ideología de un sentir católico, que quedaron reflejados en su lema «Dios y leyes viejas» (Jaungoikoa Eta Lagi-zarrak).

Se estaban perdiendo la cultura, las costumbres, la lengua y la identidad de la zona que vivía por el sometimiento a leyes foráneas.

Para Arana, junto con los liberales, los «maquetos» eran la encarnación de los males que aquejaban a la patria vasca; dicho término fue utilizado comúnmente de forma despectiva en la época[52]​ y era usado también en Santander (para referirse despectivamente a sus vecinos castellanos) y Asturias.

El patriarca del nacionalismo vasco" publicado en 2015 muestran una vertiente de Arana en la que le reclama sumisión y obediencia.

En otra carta enviada a un amigo escribe "La mujer es vana, es superficial, es egoísta, tiene en sumo grado todas las debilidades propias de la naturaleza humana.

En agosto Nikole, embarazada de cuatro meses, pierde al hijo que esperaban.

Durante el año 1901, Arana intervino como vicepresidente en el Congreso Ortográfico de Hendaya[73]​ para unificar la ortografía del euskera, e invitó a participar en ella a todos los intelectuales relacionados con la materia, aunque odiasen su proyecto nacionalista.

También ese año se crea la primera organización juvenil nacionalista, Euzko Gaztedia (EG).

[75]​ La prensa de la época cree que Sabino ha tirado la toalla y Arana le remite una carta a su hermano Luis explicándole su idea,[76]​ dos días después:

Algunas hipótesis apuntan que Arana pretendía crear algo parecido a la exitosa Lliga Regionalista catalana de Francesc Cambó,[79]​ que, moderándose y pactando con sectores no nacionalistas e incluso opuestos, había obtenido gran apoyo con su victoria electoral en 1901 para el proyecto catalanista, posicionándose frente al avance de las izquierdas y aglutinando a las derechas.

No obstante los filólogos actuales han señalado fallos en la obra de Arana en este campo.

Esto también incluía el léxico religioso: Deun (santo), txadona (iglesia), orlegi (verde), urrutizkin (teléfono), izparringi (periódico).

Tras su muerte, en 1910 la Comisión de Euskera del Partido Nacionalista Vasco publicó Deun Ixendegi Euzkotarra / Santoral Vasco (Santoral onomástico vascongado), prologada por su seguidor Luis Eleizalde, donde se «traducen» los nombres cristianos adaptándolos a las que, según él, eran las leyes fonéticas del euskera.

Según su sistema, los nombres acabados en «a» son masculinos y los acabados en «e» femeninos: Kepa/Kepe (de Kaiphas, Pedro/Petra), Miren (María), Endika/Endike (Enrique), Edorta/Edorte (Eduardo), Pederika/Pederike (Federico/Federica), Iñaki (este era un nombre tradicional, Ignacio, derivado a su vez de Íñigo), Joseba/Josebe (José/Josefina), Jasone (Asunción), etc. Aplicó ese mismo sistema para diferenciar el género a los nombres tradicionales, como en el caso de Begoña/Begoñe y Uxua/Uxue.

Aplicando sus teorías lingüísticas, acuñó un nombre para el país: Euzkadi (en detrimento del vocablo Euskal Herria o Euskeria, que también utilizó en sus escritos), y una bandera, la ikurriña.

En 1895 se crearía el primer batzoki en Bilbao y en la actualidad existen más de doscientos.

Su casa natal, denominada «Sabin Etxea», se convirtió en un símbolo nacionalista; utilizada como sede de la Falange durante la dictadura franquista, es actualmente la sede del Partido Nacionalista Vasco,[85]​ y la fundación que lleva su nombre continúa guardando y recordando su obra, dado que toda la documentación existente fue microfilmada y protegida en los años del citado régimen.

Dicha canción, llamada «Gora ta Gora», es el actual himno del PNV y la melodía, sin letra, es el himno de la comunidad autónoma del País Vasco («Eusko Abendaren Ereserkia»), que se impuso finalmente a la antigua canción fuerista «Gernikako arbola» («El Árbol de Guernica»), escrita por José María Iparraguirre.