Se desempeñó como ministro de Estado durante los gobiernos de los presidentes radicales Juan Esteban Montero, Juan Antonio Ríos, Gabriel González Videla y del independiente Jorge Alessandri.[9] Trabajó en el Hospital del Salvador de Santiago, mismo lugar donde había hecho su internado.[10] Regresó por segunda vez a Chile para trabajar en el Hospital San José de la capital, especializándose en tisiología.Durante la presidencia de Jorge Alessandri, este era soltero, por lo que Schäffer asumió las labores propias equivalentes a la primera dama desde 1959 hasta 1964, mientras su cónyuge era ministro del Interior.[8][2] Entre 1934 y 1936, período correspondiente al segundo gobierno el presidente Arturo Alessandri, fungió como director general de Beneficencia y Asistencia Social, sucediendo al médico Alejandro del Río, con quien, pese al apellido, no tenía ningún nexo familiar.En su gestión ministerial se encargó de habilitar albergues y ollas comunes, debido al grave estado financiero heredado de la primera administración del presidente Carlos Ibáñez del Campo.[1] Los restos de Sótero del Río arribaron a Chile el 14 de mayo y el gobierno chileno declaró duelo oficial para el día siguiente, fecha en que se realizaron sus funerales.