Se caracteriza por hipotonía neonatal, crecimiento normal a acelerado, habla ausente o gravemente retrasada, retraso global del desarrollo y rasgos faciales dismórficos menores.
Aunque la deleción es el resultado de una mutación espontánea en la mayoría de las ocasiones, existe también una forma hereditaria debida a traslocaciones cromosomales familiares involucrando el cromosoma 22.
Las proteínas codificadas por los genes Shank juegan un rol importante en la maduración y estabilización de las sinapsis entre neuronas en el cerebro.
La técnica genética avanzada esencial para su diagnóstico, hibridación fluorescente in situ (FISH por las siglas en inglés de Fluorescent In Situ Hybridization), está disponible solamente desde 1998 aproximadamente, y requiere de laboratorios con instalaciones especializadas.
Presentan dismorfismos faciales menores, tales como uñas de los pies delgadas y quebradizas (78%); manos grandes y carnudas (68%); grandes pies; orejas prominentes y no muy bien formadas (65%); y otras características que no son evidentes al examen visual como hipotonía (97%); crecimiento normal o acelerado (95%); gran tolerancia al dolor (86%); convulsiones (porcentaje desconocido); estrabismo; anomalías de la médula espinal; visión central pobre.