También trabajó en el diseño artístico de carteles y libros y en 1940 fue uno de los responsables del diseño artístico del Museo Nizami.
Mustafayev demostró las influencias constructivistas en sus primeras obras.
En 1936 Rustam Mustafayev fue invitado a trabajar en el Teatro de Ópera y Ballet Académico Estatal de Azerbaiyán.
Rustam Mustafayev murió el 19 de julio de 1940 en Bakú y fue enterrado en el Callejón de Honor.
Desde 1943 el Museo Nacional de Arte de Azerbaiyán lleva el nombre del pintor.