Como el hijo varón más joven, Ruperto fue designado por su padre para una carrera en la iglesia.
Al igual que su hermano Luis, Ruperto se inclinó por la Reforma.
Ruperto representó las ideas de la Reforma más decisivamente que su hermano.
Comisionó a Johann Schwebel, con la creación de un nuevo código de la iglesia para el Palatinado-Zweibrücken y ordenó el uso del idioma alemán en la adoración.
Ruperto murió al año siguiente (1544) en su castillo de Gräfenstein y fue enterrado en la Iglesia de Alejandro en Zweibrücken y fue sucedido por su hijo Jorge Juan.