Cuando era niño, solía sentarse y leerle los periódicos a su padre Surumani Rugunda, y fueron estas experiencias a una edad joven que despertó su posterior interés hacia la política.
Más tarde estudió en la Universidad de California en Berkeley y obtuvo una maestría en ciencias en salud pública.
[2] Antes de unirse a la política ugandesa, Rugunda trabajó como médico en Zambia, como físico en el Hospital general de Washington D. C. y en el Hospital nacional Kenyatta en Nairobi, Kenia.
En 1985 se reunió con los dirigentes del Movimiento de Resistencia Nacional Ugandés (NRM) en la posada "Zum grünen Jäger" en Unterolberndorf, Austria, para una conferencia conspirativa para elaborar un programa político para la liberación de Uganda.
Al mismo tiempo, su cargo fue ascendido a nivel de gabinete ministerial en Uganda.