Se graduó de la Escuela Secundaria en Horn en 1935 con una distinción y comenzó a estudiar derecho en la Universidad de Viena.
Sin embargo, después del Anschluss en Austria, debió renunciar a sus estudios.
Se negó a unirse a la NSDAP, y su beca fue revocada, Kirchschläger ya no podía seguir pagando sus estudios.
Kirchschläger luchó como soldado, desde el comienzo de la guerra, inicialmente durante la invasión de Polonia, luego en el Frente Occidental y después contra Rusia en el Frente Oriental.
Sin embargo fue enviado de vuelta al Frente Oriental, donde fue herido en 1942.