A. Havenstein nació en Meseritz, provincia de Posen.
Se casó el 10 de octubre de 1889 con Maria von Meyer (1866-1929), hija del diputado Wilhelm von Meyer.
De 1900 a 1908, Havenstein fue Presidente del Banco Estatal Prusiano.
De 1908 a 1923, fue presidente del Reichsbank y su firma apareció en los billetes del Reichsbank alemán desde 1908 a 1923.
Rudolf Havenstein murió en 1923 en Berlín y está enterrado en el Cementerio de Dahlem en Berlín-Dahlem.