En 1997, ocupó el primer lugar en la Liga de la Gulf Coast League en carreras permitidas (47) y carreras limpias (30), quinto en entradas lanzadas (63), cuarto en hits permitidos (68), segundo en juegos iniciados (12).

En 1999, fue nombrado por la organización como lanzador del año de los Jamestown Jammers.

Tuvo el noveno mejor ratio en base por bolas por 9 entradas en la historia de Macon Bravos (1.83) y ponchó en una temporada a siete bateadores en tres ocasiones para un récord personal.

En las dos temporadas después de su problema del brazo, dio boletos a sólo 64 bateadores en 291 entradas con 185 ponches.

Colón lanzó un juego completo el 2 de junio frente al equipo Frederick Keys (9 IP, 7 H, 1 R, 1 ER, 6 K).

Obtuvo su primer salvamento al lanzar un inning perfecto en una victoria 5-3 en Jacksonville el 23 de julio.

Colón lanzó en tres niveles diferentes en 2004 y terminó el año con Atlanta.

Dio boletos a sólo dos bateadores después del 1 de julio en Richmond (19 G, 31.1 IP) y no permitió carreras en sus últimas seis apariciones, desde el 4 al 17 de agosto (10⅔ IP, 2 H, BB, 11 K).

La lesión causó que Karnuth fuera llevado al hospital y sometido a cirugía plástica en su cara.

[2]​ Se convirtió en agente libre tras la temporada 2008, pero fue firmado nuevamente por los Reales e invitado a sus entrenamientos de primavera en 2009.