En 1611 tuvo un éxito militar capturando en alta mar un buque marroquí cargado con la biblioteca del rey Muley Cidán, que solicitó un rescate por los 3000 volúmenes.
El rey Felipe III demandó que liberase también a todos los cristianos prisioneros que tenía en su poder, pero al negarse, los libros fueron a engrosar la bibliteca de El Escorial (aunque parte de ellos se quemó en el incendio de 1671).
Descubierto Padilla, fue torturado y encarcelado junto a Híjar en el verano de 1648.
El duque de Híjar sufrió tortura sin confesar y no pudo ser condenado a muerte, pero se le condenó a cadena perpetua en el Castillo de León, mientras que Padilla y Domingo Cabral fueron ejecutados.
Se puede decir que la condena al duque de Híjar fue algo extrema, teniendo en cuenta que el duque de Medina Sidonia había cometido hechos más graves, sin embargo este último recibió penas más blandas.