Realizó dos giras a Vietnam para participar en acciones de combate.

Y en 1967 sirvió en la Tercera División de Marines en la Ofensiva del Tet.

Entre 1975 y 1976 fue asistente ejecutivo del nuevo Consejero de Seguridad Nacional Brent Scowcroft, y asistente especial del Presidente Gerald Ford para asuntos de Seguridad Nacional (1976-1977).

Allí asesoró a los Senadores durante los debates sobre el Tratado SALT II (1979-1981).

También ejerció como enviado especial del Presidente Reagan a Oriente Medio, siendo responsable de las negociaciones entre Israel y los estados árabes.

Fue más activo que sus antecesores en los viajes al extranjero, destacando sus giras por Centroamérica para avanzar en la negociación para renovar tratados militares y económicos con países aliados en la lucha contra la influencia soviética, como Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Panamá y Honduras.

Mientras McFarlane sostenía que nada en el tratado prohibía la investigación, prueba y desarrollo de las armas espaciales contempladas en el SDI, Shultz defendía una interpretación más restrictiva del Tratado ABM, que no enfureciera a los aliados, y le permitiera una mayor iniciativa sobre cuestiones de desarme en las negociaciones con la URSS.

En noviembre de 1986, el diario libanés 'Al Shiraa' destapó el escándalo Irangate (Irán-Contras): durante 18 meses, Washington había mantenido tratos confidenciales con Teherán para que intercediera ante la organización chiita Hezbolá, que mantenía secuestrados a seis estadounidenses en Líbano.

Tras abandonar la Casa Blanca, McFarlane continuó participando en las reuniones secretas con Teherán.

En 1988 fue declarado culpable por haber ocultado información al Congreso, y condenado a dos años de libertad condicional.