Mientras en Cambridge, sus principales publicaciones se encontraban en la anatomía y morfología de plántulas de gimnospermas, pteridofitas y angiospermas.

Al mismo tiempo, tomó la silla del Profesorado Harold Pearson de Botánica en la Universidad de Ciudad del Cabo - Harold Pearson was the first Director of Kirstenbosch.

Robert Compton held these posts for the next 34 years.

Muchas de sus publicaciones en ese campo los publicó en Journal of South African Botany, una revista que arrancó en 1935 y que editó hasta su retiro.

Al jubilarse en 1953, decidió instalarse en Suazilandia y fue comisionado por ese Gobierno para llevar a cabo un estudio botánico del país.