Ayiana debe ser dejada atrás por razones desconocidas, puede que estuviese contagiada del virus del que los antiguos huyesen y ve a la gran ciudad elevarse despacio y desaparecer en el cielo.
En la Antártica, en la actualidad, un grupo de investigadores y científicos están trabajando en un laboratorio subterráneo.
En ese momento, el Dr. Daniel Jackson aparece y les dice que lo sigan.
Recientemente descubrieron un séptimo símbolo, pero que no es el punto de origen Tierra.
Ellos necesitan del casi agotado "Modulo de Punto Cero" para potenciar en Portal, a lo cual O'Neill no accede.
McKay pide a Sheppard que piense en su ubicación en el sistema solar, e inmediatamente un mapa aparece sobre la silla.
Tan pronto todos pasan, Weir manda saludos desde la "base Atlántida"; una botella de champagne llega entonces rodando por el Portal, y este se cierra.
A medida que exploran el lugar, luces y sistemas se encienden.
El Dr. Beckett también encuentra un holograma grabado por una Antigua que cuenta la historia de Atlantis.
Hace 10000 años, un poderoso enemigo sitio la ciudad, la cual fue finalmente sumergida, y los últimos Antiguos regresaron a la Tierra por el Portal.
Allí, tras toparse con un niño llamado Jinto y su padre, Halling, ellos se presentan con Teyla Emmagan, la líder de la tribu, quien los invita a pasar la noche en la aldea, mientras Sheppard conversa con ella para demostrarle que puede confiar en ellos.
Al día siguiente, tras divisar una ciudad en ruinas cerca, el Coronel Summer sugiere revisarla, pero los Athoscianos temen que si lo hacen provoquen a los "Wraith" ("Espectros").
En ese momento, el Portal del planeta se activa, y 3 naves desconocidas llegan dirigiéndose directamente rumbo a la aldea.
Summer ordena inmediatamente abrir fuego, pero extraños movimientos que comienzan a ver alrededor los distraen.
Weir le informa que tienen que abandonar la ciudad, y Sheppard pregunta a Jinto si conoce una dirección adonde ir, pero, en ese momento, la ciudad entera comienza a ascender y alcanza la superficie del océano.
Tras unos minutos, un Wraith aparece y Summer intenta hablar con él, pero éste no le hace cas.
De vuelta en Atlantis, logran hallar una posible dirección, pero pronto descubren que el Portal en ese lugar está orbitando un planeta.
Él lleva a Sheppard al hangar de naves para ver si es capaz volarlas.
Tras aprender Sheppard a volar las naves Antiguas, y descubrir también que poseen escudos de camuflaje, Weir aprueba la misión.
En ese momento, la Wraith trata que Summer le diga donde está la "Tierra", pero ante su negativa, decide empezar a alimentarse de él.
Luego acuchilla a la hembra Espectro, pero ésta, antes de morir, les dice que con su muerte, los otros despertaran.