Más tarde, la escuela florecería y lograría una identidad claramente japonesa con "Shuho Myocho" (también conocido como "Daito Kokushi", 1283-1337) y Musō Soseki (1275-1351), influyentes maestros que no viajaron a China a estudiar.
El Rinzai Zen no es hoy día en Japón una institución única organizada.
Excelentes resultados de la relación temprana entre Rinzai Zen y las clases dominantes fueron una fuerte influencia Rinzai en la educación y el gobierno, y contribuciones Rinzai a un gran florecimiento de las artes culturales japonesas como la caligrafía, la pintura, la literatura, la ceremonia del té, el diseño del jardín japonés, la arquitectura e incluso las artes marciales.
Curiosamente, el Ōbaku también es descendiente de la escuela china Linji, por lo que técnicamente puede ser considerada una parte del movimiento japonés Rinzai.
En el siglo XVIII la escuela Rinzai había entrado en un período de estancamiento y declive.
La influencia de Hakuin y sus sucesores fue tal que todos los maestros Rinzai Zen hoy remontan su linaje a él.