El Aljezur corre en dirección oeste a lo largo de 9,8 km desde su inicio en la localidad de Aljezur, desde la confluencia del río Alfambres y el río Cerca[1][2] hasta su desembocadura en la costa atlántica occidental del Algarve, en la playa de Amoreira.
Los moros construyeron un puerto en la base del castillo e hicieron navegable el río hasta el océano en Amoreira.
El río y el puerto permanecieron navegables hasta el siglo XVIII, después de lo cual el canal cayó en mal estado tras la destrucción del pueblo causada por el terremoto de 1755.
Desde Aljezur, el río serpentea a través de un estrecho valle que se encuentra dentro del parque natural del Suroeste Alentejano y Costa Vicentina.
[3] Este hábitat alberga especies como el martín pescador, el carricero, la garza real y la nutria.