[2]: 422–423 No obstante, en torno a 1550 el beneficiado Juan de Inaraja dispuso que un retablo dedicado a Cristo crucificado, entonces sin policromar, fuese dorado en Valladolid para ser posteriormente emplazado tras el altar con el fin de que fungiese como retablo mayor mientras se aguardaba la posibilidad de construir uno nuevo.
Este retablo, en el dudoso caso de haber sido instalado en el trasaltar puesto que los herederos de Inaraja se negaban a hacer entrega del mismo, fue reemplazado en 1601 bien por su reducido tamaño o bien por su mal estado de conservación, colocándose en su lugar el retablo fabricado por Carrión.
La obra fue encargada para ser asentada y puesta «en el sitio, parte e lugar que la dicha Ana le pareciere», instalándose la pieza en un altar colateral en el lado del evangelio de la capilla mayor.
[3]: 264–265 Por expreso deseo de Sanz, tal vez influenciada por el visitador de la diócesis, el retablo fue trasladado a la zona central de la capilla mayor «para que el culto divino fuera más honrado e reverenciado», aunque debido a sus medidas la traza de la obra debió ser reformada a la vez que se le incorporó un basamento lo bastante esbelto como para que la pieza quedase lo suficientemente resaltada, guardando al mismo tiempo la proporción debida con respecto al presbiterio.
[3]: 265 En 1597, al tomarse la decisión de convertir esta pieza en el retablo mayor, se acordó someter la obra a un ensanchamiento y ampliación, labores ejecutadas por Benito Celma; se añadió un primer cuerpo compuesto por seis pilares estriados de orden jónico con friso y entablamento, colocándose encima el retablo de Carrión, el cual debió ensancharse eliminando las monumentales columnas de los extremos, procediéndose además a reformar la cúspide.
Respecto a la parte del retablo que Celma dejó sin hacer, esta no se puede atribuir con total seguridad a ningún escultor, aunque muy posiblemente su autoría se deba a Pedro de la Cuadra, correspondiéndose esta parte con los relieves presentes en el banco, la imagen titular, los relieves de Justicia y Esperanza y las tallas de San Pedro y San Pablo.
[7][8]: 140 Considerando la profunda reforma estructural a la que fue sometido el retablo y la cantidad de artistas que intervinieron en él, se puede realizar la siguiente atribución: El resto (las imágenes de San Ambrosio, San Jerónimo, San Gregorio, San Agustín, la Virgen con el Niño y San Juanito, la Magdalena penitente, la Venida del Espíritu Santo, la Estigmatización de San Francisco, el Abrazo en la Puerta Dorada, la Lamentación sobre Cristo muerto, la Flagelación, el Calvario, Dios Padre, Fe y Caridad) permanece como obra de autoría anónima, si bien algunas fuentes atribuyen los relieves del banco a Adrián Álvarez.
[10] Seguidamente se procedió a efectuar una consolidación de carácter interno para reforzar el soporte, inyectándose para ello un consolidante en los huecos y en zonas con ausencia de policromía; una vez hecho esto se repitió el mismo proceso en un área donde se detectó un antiguo ataque de xilófagos (ya inactivos), desinsectándose la zona.
Algunos elementos metálicos colocados desde el exterior en una intervención pasada fueron eliminados por estar obsoletos, dejando únicamente aquellos cuya retirada podía deteriorar la madera o la policromía debido a su fuerte adherencia; estos elementos fueron sometidos a una limpieza mecánica con cepillos de metal de fibra de vidrio y acero latonado con el fin de eliminar el óxido presente a nivel superficial, aplicándose posteriormente un inhibidor para prevenir la corrosión e impregnándose a continuación la superficie con una película protectora consistente en resina acrílica.