La Reserva cuenta con una amplia gama de valores naturales que la hacen única en cuanto a biodiversidad dentro del Río Matanza.

Como todo espacio abandonado a su suerte la Laguna de Rocha sufrió durante muchas décadas la invasión de plagas y especies exóticas de otros continentes en su predio (Acacia negra, Mora blanca, Paraíso, Ricino, Ligustro, Ligustrina, Fresno, Madreselva, Álamos, Lirio amarillo, etc) que han ido desplazando a la flora nativa, hoy día al ser una Reserva Natural dicha invasión se revierte con el adecuado control y proyectos de restauración del ambiente original.

Se pueden observar casi todas las especies autóctonas de la región del noreste bonaerense, si bien sus poblaciones hoy son bajas cuando se libere la Reserva de las especies invasoras volverá a su plenitud la flora y su fauna asociada.

En los montes, Anacahuita (Blepharocalix salicifolius) Azotacaballo (Luehea divaricata) Blanquillo (Sebastiana brasiliensis) Canelón (Myrsine laetevirens o parvula) Chal chal o Cocu (Allophylus edulis) Higuerón (Ficus luschtaniana o monckii) Fumo Bravo (Solanum granulosum-leprosum) Molle Incienso (Schinus longifolius) Murta (Myrceugenia glaucescens) Lapachillo (Poecilante parviflora) Laurel criollo (Ocotea acutifolia) Ombú (Phytolacca dioica) Ombusillo (Phytolacca tetramera) Palo Amarillo (Terminalia australis) Pindó "palmera" (Syagrus romanzoffiana) Plumerillo rosado (Calliandra parviflora) Sauco (Sambucus australis) Tembetarí (Fagara hiemalis) Timbó (Enterolobium contortisiliquum) En los espacios abiertos y expuestos: Algarrobo blanco (Prosopis alba) Cina Cina (Parkinsoneana aculeata) Chañar (Geoffroea decorticans) Coronillo (Scutia buxifolia) Espinillo o Aromito (Acacia caven) Quebrachillo (Acanthosyris spinescens) Sombra de Toro (Jodina rhombifolia) Tala (Celtis tala) En lugares bajos o suelos más húmedos (puede ser al lado de la laguna, arroyo): Aliso de río (Tessaria integrifolia) Ceibo (Erythrina crista galli) Curupí (Sapium haematospermun) Ingá verá (Ingá uruguensis) Mataojo (Pouteria salicifolia) Sangre de Drago (Crotón urucurana) Sarandí blanco (Phyllantus sellowianus) Sarandí colorado (Cephalanthus glabratus) Sauce criollo (Salix humboldtiana) Tarumá o Espina de bañado (Citharexylum montevidense) Yerba de Bugre (Lonchocarpus nitidus) Dudosos para el nordeste de Buenos Aires pero asilvestrados o nativos de lugares muy próximos: Aguaribay (Schinus molle) Algarrobo negro (Prosopis nigra) Caldén (Prosopis caldenia) Ñandubay (Prosopis affinis) Ñangapirí o Pitanga (Eugenia uniflora) Pata de Buey o Pezuña de vaca (Bahuinia candicans) Arbustos y herbáceas: Acacia café (Sesbania virgata) – Arbolito Achira amarilla (Canna glauca) Azucena Sangre de Buey (Rodophiala bifida) Barba de Chivo (Caesalpinia gillesii) Canario rojo (Diclipteda squarrosa) Carpinchera (Mimosa pigra) – Arbolito Carqueja (Baccharis trimera) Cedrón del monte (Aloysia grattisima) – Arbolito Chilca (Baccharis salicifolia) Chirca (Dodonaea viscosa) Cortadera (Cortaderia selloana) Duraznillo (Cestrum parqui) Hediondilla morada o Talilla (Lycium cestroides) Hierba San Simón (Vernonia scorpioides) Ñapinday (Acacia bonariensis) – Arbolito Malvavisco (Abutilón grandiflorum) Mariposa (Heteropteris angustifolia) – Arbolito Mariposera (Eupatorium inulaefolium) Lantana (Lantana megapotamica) Quiebra arados (Vernonia rubricaulis) Rosa de río (Hibiscus cisplatinus) Salvia guarinitica Seibillo (Sesbania punicea) - Arbolito Sen del campo (Senna corymbosa) – Arbolito Flor amarilla (Senecio bonaeriensis) Senecio grisebachii Tabaco del monte (Trixis praestans) Enredaderas o lianas: Amor porteño (Solanum amygdalifolium) Isipó timbó (Serjania meridionalis) Sacha Huasca (Dolichandra cynanchoydes) Tasi (Morena brachystephana) Uña de gato (Macfadyena unguis-cati) Sin duda la riqueza de la Laguna de Rocha está representada en su diversidad de aves.

La acumulación de masa vegetal, la cual es degradada por organismos descomponedores, aumenta la materia orgánica (que puede venir descargas cloacales) que vuelve al ciclo siendo utilizada por la vegetación anfibia acelerando el proceso de eutrofización.

La primera población, según el ingeniero Eduardo Madero en su libro "Historias del puerto de Buenos Aires”: "...fue fundada en los terrenos al margen del riachuelo de los navíos...luego fue trasladada y reedificada en una loma de mayor altura y extensión..." debido a que la creciente del río, era una terrible amenaza para el Real (nombre que se le dio al asentamiento).

Se dedicaron además a la construcción de algunos ranchos utilizando los materiales que les proveía el lugar.

Juan Pavón, recorre las cuatro leguas desde el campamento español del Riachuelo hasta alcanzar y divisar las tolderías de los querandíes.

Don Diego de Mendoza reúne a 300 infantes y 30 jinetes, poniendo en marcha el ejército, que fue guiado por Juan Pavón en el recorrido hacia las tolderías aborígenes.

Tras la llegada del ejército al mando de Don Diego de Mendoza, los Querandíes quedan asombrados una vez más por la presencia que imponen los soldados con sus vestimentas, las banderas flameando y sus caballerizas al frente, todo tan deslumbrante a su mirada.

[6]​ Los soldados perciben las posiciones de los Querandíes y se deciden a avanzar por las zonas donde es posible atravesar el río.

El sacerdote Pedro Lozano, en sus recopilaciones también coincide con el precursor relator Ruy Díaz de Guzmán.

Si bien los aborígenes americanos eran legalmente hombres libres, eso ocurría si aceptaban someterse voluntariamente a los españoles.

En el año 1984, el señor Daniel Conlazo, con el apoyo del señor Rogelio Ponsard y nuestro historiador local, Pedro Rubén Campomar realizaron un estudio en el llamado yacimiento arqueológico Ezeiza III donde se produjo el hallazgo de material lítico y un hermoso real de plata acuñado en Potosí.

[11]​ La espada, luego de ser desenterrada y estudiada, hizo un largo recorrido hasta llegar a su actual emplazamiento.

Y es el mismo Rocha quien posteriormente le venderá otra fracción lindera a sus tierras.

En el transcurso del año 1811, la Estancia es transferida al activo comerciante inglés Don Diego Barton, quien instaló un saladero a cierta distancia de su nueva casa.

[6]​ Pero tiempo más tarde, en el año 1825, la historia de la Estancia "La Laguna" llega a su punto clave.

En 1832, tras el fracaso de la colonia, Guillermo Parish Robertson, decide vender a Don Tomas Fair, las Estancias "Monte Grande" y "La Laguna".

En 1873, se vende parte de la Estancia "Monte Grande" a José Gregorio Lezama.

Hoy la Estancia La Negra o La Laguna, como más deseen recordarla paso a tener otro nombre: "el Triángulo", ya con un nuevo dueño conocedor de la agricultura, se pudo observar la siembra y cosecha de trigo, maíz y girasol en el lugar.

[cita requerida] Ese mismo año, por ordenanza del Concejo Deliberante el sitio es declarado "Reserva Histórica Municipal".

En 1996, la firma SIDECO Americana compra alrededor de 120 ha, en las cuales proyectó tres barrios privados.

Sin embargo, pocos meses después se recorta el área protegida con el fin de cederle a los clubes Boca Juniors y Racing Club[13]​ 64 hectáreas para que construyan su campo deportivo, teniendo el total apoyo del Intendente Municipal[14]​ afectando seriamente el área adyacente a la Reserva Natural y generando un aumento en los riesgos de inundación en los barrios cercanos.