[4]​[5]​ Los bosques de la reserva varían según la elevación y la proximidad al embalse.

Las regiones de estepa montañosa se nivelan con arbustos-estepa y pastizales.

Las fluctuaciones en el nivel del agua debido a las operaciones de la represa pueden ser dramáticas (hasta 40 metros).

[6]​[2]​ Los mamíferos más comunes en la reserva son los que están más extendidos en Siberia, tales como: la marta cibelina (Martes zibellina), ardilla roja (Sciurus vulgaris), alce (Alces alces), el lobo europeo (Canis lupus lupus), glotón (Gulo gulo), lince eurasiático (Lynx lynx) y otros.

Los representantes de la taiga siberiana incluyen el trepador azul (Sitta europaea), el ruiseñor azul (Larvivora cyane), el ruiseñor silbador (Larvivora sibilans), el cascanueces común (Nucifraga caryocatactes), el cuco del Himalaya (Cuculus saturatus), el urogallo común (Tetrao urogallus) y la perdiz barbuda (Dendrortyx barbatus) que es típica de las zonas esteparias rocosas, las aves rapaces como el águila pescadora (Pandion haliaetus), el halcón peregrino (Falco peregrinus) y águilas son habituales por todas partes, los reptiles también son muy comunes; los anfibios están representados por la rana campestre (Rana arvalis) y el sapo común (Bufo bufo).

[6]​[2]​ Al tratarse de una reserva natural estricta, la Reserva Sayano-Shushenski está en su mayor parte cerrada al público en general, aunque los científicos y aquellos con fines de «educación ambiental» pueden hacer arreglos con la administración del parque para realizar visitas guiadas.