La Reserva está conformada por tres áreas protegidas y una zona de transición o desarrollo.
Esta secretaría queda integrada al Comité Nacional del Hombre y Biosfera.
Se hace necesario la Instalación de un Fondo Ambiental para canalizar recursos económicos que permitan reforzar las actividades de protección y monitoreo en la Isla de Ometepe.
Además mandata a que se lleven a cabo procesos de valoración de los servicios ambientales generados en la misma y que sean susceptibles de generar ingresos, con el objetivo de que estos se conviertan en una retribución sostenible en beneficio de la RBO.
También se mandata a tomar en cuenta la ley de Diversidad Biológica; que establece un sistema de cobros por ingresos a las áreas protegidas del país.