Se encuentra en el puente natural entre la región neártica y la neotropical por lo que tiene una amplia variedad biótica.

Los Conchales son áreas de esta región que recibieron ese nombre por haberse encontrado numerosos grupos de conchas de moluscos recolectadas por pescadores-recolectores aproximadamente en el año 3500 a. C., así mismo se han hallado artículos como cerámica, piedras, huesos entre otros materiales del periodo entre 3000-1750 a. C. y 1750-1650 a. C. en un lugar llamado Chantuto que ocupa el segundo lugar más antiguo para Chiapas y Mesoamérica.

Algunos municipios que incluye la Encrucijada son los de Pijijiapan, Mapastepec, Acapetahua, Huixtla, Villa Comaltitlán y Mazatán.

Las zonas económicas más importantes de esta reserva territorial son: la Istmo Costa y la Soconusco.

No obstante se encuentra influenciada por las cuencas media y alta, o la zona del parteaguas tomando como límites municipales: Pijijiapan, Mapastepec, Acacoyahua, Escuintla, Huixtla, Tuzantán, Huehuetán, y Tapachula.

Cuenta además con vegetación subacuática, vegetación de dunas costeras y palmerales, selva subperennifolia, popal, tular, selva caducifolia, zapotonal y vegetación flotante, así mismo alberga a diversas especies de tortugas marinas como la tortuga laúd (Dermochelys coriacea), tortuga verde (Chelonia mydas), carey (Eretmochelys imbricada), golfita (Lepidochelys olivacea) y de agua dulce son: crucilla o cruzalluchi (Staurotypus salvinii), sabanera (Rhinochlemys pulcherrima), negra (Pseudemys grayi), casquito amarillo (Kinosternon scorpioides) (INE-SEMARNAP, 1999).

Perteneciendo a la región hidrológica 23(CNA), la encrucijada cuenta con un potencial sistema fluvial integrado por ríos con un promedio de curso de 45 km, influenciados principalmente por las lluvias de temporada y esto hace que su volumen varíe a lo largo del año, en algunas épocas del año llega a la sequedad absoluta.

Su hidrografía la componen 17 corrientes algunos nombres son Comaltitlán, Coapa, Urbina, Piji- jiapan, Huixtla, Cintalapa, Margaritas, Novillero, San Nicolás, Cacaluta y Sesecapa, también está rodeada de arroyos secundarios y terciarios de agua dulce, lagunas como Panzacola, Los Cerritos, Buenavista, Carretas, Pereyra, Teculapa, El Campón, Chantuto y San Fernando, así como esteros como Palo Blanco, Las Brujas, Santiago, Chocohuital, Hueyate, Palo Ga- cho, Salitral, Pampa Honda, Castaño, El Coco, La Bolsa, La Barrito y Palmarcito.

Flores, 1995) y esto produce un excelente ecosistema hidrológico para el desarrollo de organismos estuarinos (Contreras, et al.,1997).

La reserva cuenta con especies endémica raras, amenazadas o en peligro de extinción como: La región costera se caracteriza por un clima tipo Am (w) este es cálido-húmedo, y durante el verano presenta abundantes lluvias.

(Estación climatológica IHN- La Concepción) En el mayo se marca la pauta para el inicio de temporada de lluvias y generalmente dura hasta noviembre, sin embargo entre julio y agosto, se presenta la famosa sequía intraestival, los demás meses puede presentar ya sea clima seco o en febrero y marzo lluvias ocasionales.