Constituye el enclave más importante donde se reproduce con regularidad el flamenco común (Phoenicopterus roseus), siendo la colonia nidificante de Fuente de Piedra, junto a la existente en la Camargue (Francia), la más relevante del Mediterráneo Occidental y África Noroccidental.

En su cuenca se depositan sal y yeso, minerales que al disolverse en el agua de la laguna le confieren salinidad.

La laguna se sitúa en la zona de la divisoria de aguas entre la cuenca del río Guadalquivir (vertiente atlántica) y la cuenca del río Guadalhorce (vertiente mediterránea).

Tanto la laguna como su entorno se enmarcan dentro del ámbito de las cordilleras Béticas, localizándose casi en su totalidad en el espacio ocupado por la Zona Subbética dentro de las denominadas Zonas Externas.

Por orden cronológico las formaciones geológicas principales que se dan cita en este espacio son los materiales del mioceno y los depósitos cuaternarios.

La orografía del lugar se muestra fuerte en las sierras jurásicas, alomada con pendientes moderadas a suaves sobre el mioceno y suave a llana en los materiales cuaternarios.

Hay una gran variación de la distribución interanual de precipitaciones con años hidrológicos donde se llegan a superar los 700 mm/año y otros en los que apenas se alcanzan los 200 mm/año.

En el período de invernada (noviembre-febrero) se observan grullas, anátidas como el pato cuchara y algunos limícolas.