En 1800, la república de Liguria fue rodeada por el ejército austríaco y la flota británica.

Se estima que 30 000 bajas resultaron de los conflictos, y se tuvo que confiar en el ejército francés para la restauración económica.

Finalmente, los líderes de Liguria se colocaron a los pies de Napoleón, pidiéndole que tomara el control directo.

En junio de 1805, el área fue anexada directamente por Francia como los departamentos de los Apeninos, Genes y Montenotte.

La república Ligur utilizó la tradicional bandera genovesa, blanca con la cruz de San Jorge en rojo.