Fueron nombrados las Islas Filipinas, en honor del Rey Felipe II de España.

[2]​ En 1565, el gobernador Miguel López de Legazpi reclamó las Filipinas como Colonia Española y designó a Manila como su capital en 1571.

Filipinas se construyó como una colonia española en 1565, cuando Miguel López de Legazpi fue nombrado Gobernador General.

El comercio entre Cantón y Acapulco pasó por Manila, donde buques chinos llegaron cargados de sedas y porcelana para ser enviados a América, a cambio de plata.

[2]​ Los mexicanos estaban entre los latinoamericanos involucrados con el soldado filipino Andrés Novales y su levantamiento contra España.

En 1842, después del período colonial, México colocó un representante independiente en Manila.

Sin embargo, la primera referencia a un "diplomático" mexicano en las Filipinas se encuentra durante el Porfiriato, con la designación en 1878 de Evaristo Hernández Butler como Cónsul.

[1]​ En 2023, ambas naciones celebraron el 70.º aniversario del establecimiento de relaciones diplomáticas.

Durante la visita del presidente López Mateos en Manila, se reunió también con el expresidente Emilio Aguinaldo.

[1]​ Hasta la fecha, México y Filipinas han firmado los siguientes acuerdos:[5]​[6]​ En 2023, el comercio bilateral entre ambas naciones ascendió a $3.5 mil millones de dólares.

Varias áreas del museo todavía se están construyendo y ampliando.