Sus relaciones bilaterales son muy sólidas y sus lazos de amistad se han consolidado.

Para 1528, las tropas españolas derrotaron a los guerreros pipiles y establecieron una presencia permanente en la actualidad San Salvador.

[3]​ En los años que siguieron a la conquista, los españoles introdujeron animales y cultivos europeos en el territorio de El Salvador.

Hubo un gran esfuerzo para inculcar la cultura y la religión de los conquistadores a los indígenas.

Las órdenes religiosas, en especial los franciscanos y dominicos, colaboraron con el Imperio español en el proceso de evangelización.

Debido al movimiento, se produjeron varios levantamientos en todo el territorio, que fueron rápidamente reprimidos por las autoridades españolas.

Debido a este problema, El Salvador buscaba ser anexado por los Estados Unidos cuando en 1823, el Imperio mexicano colapsó y El Salvador se unió a Guatemala, Honduras, Costa Rica y Nicaragua en la articulación de la República Federal de Centro América.

[7]​En 1977, los reyes españoles, Juan Carlos I y Sofía de Grecia, realizaron una visita oficial a El Salvador.

[11]​ El Rey regresó nuevamente en 2008, acompañado por el Presidente del Gobierno español José Luis Rodríguez Zapatero para asistir a la Cumbre Iberoamericana que se celebró en San Salvador.