La importancia y la diversidad de especies residentes como migratorias que en ella se encuentran solo demuestran la riqueza e importancia de esta área protegida en el corredor biológico del Caribe hondureño.
Actualmente se maneja una cantidad de 196 especies entre ellas tucán de diferentes especies, águila pescadora (Pandion haliaetus), lora frente roja (Amazona autumnalis) y garza tigre (Tigrisoma lineatum), bujaja (Cochlearius cochlearios).
Se estima que en el Refugio hay al menos 12 órdenes de mamíferos, distribuidos en 21 familias, 33 géneros y 35 especies reportadas.
Mapaches (Procyon lotor), pizotes (Nasua narica), tacuacines (Didelphis marsupialis), ardillas (Sciurus variegatoides), varios murciélagos y ocasionalmente, manatíes (Trichechus manatus) esta especie es de importancia para el Refugio ya que representa el mamífero insigne de esta área protegida, es importante mencionar que este mamífero acuático se ve amenazado por las actividades humanas, ya que puede ser mutilado o golpeado por las lanchas fuera de borda que circulan en los canales.
Otro mamífero encontrado y de hábitos nocturnos es la especie Zorro Espín (Coendou mexicanus).