Atlántida presenta dos regiones fisiográficas diferenciadas, una llana y otra montañosa.
La primera se extiende a lo largo de la costa caribeña, formando amplias y atractivas playas, y tiene como accidente costero más notable la Bahía de Tela, cuyos extremos son las puntas Sal al oeste, e Izopo al este.
La región montañosa la comprende la Sierra Nombre de Dios, en esta se alza el Pico Bonito, el punto más alto del departamento.
El clima es tropical lluvioso y templado en la llanura costera, el sistema hidrológico está conformado por los ríos Ulúa, Leán, Cangrejal, Danto, Cuero, Salado, Papaloteca y San Juan.
La atención médica pública está disponible en el Hospital Atlántida (Hospital General Atlántida),[2] que se encuentra en Colonia las Brisas contiguo al Primer Batallón de Infantería Marina, el cual también es el principal Hospital de la ciudad de La Ceiba y del Departamento de Atlántida.