Debido a la presión ejercida por la opinión pública, el presidente Juan Manuel Santos decidió objetar su aprobación y convocar al Congreso a sesiones extraordinarias con el fin de revocarla.

En septiembre de 2010, dado el desacuerdo frente al proyecto, el gobierno decidió aplazar su presentación al Congreso hasta el año 2011, esperando que para entonces se hubiese podido alcanzar un acuerdo entre las distintas ramas del poder público.

Las Cortes expresaron su preocupación pues consideraron que el proyecto pondría en riesgo la democracia colombiana pues permitía la concentración del poder en el Ejecutivo y ponía en riesgo la autonomía del Poder Judicial.

[8]​ Ante esta situación el Consejo de Estado decidió presentar su propio proyecto de Reforma a la Justicia y ponerlo a consideración del Congreso, en este proyecto se propuso, entre otros aspectos, una reestructuración del Consejo Superior de la Judicatura y no su eliminación, así como un aumento presupuestal para la Rama Judicial.

El proyecto de Reforma superó sin inconveniente los dos primeros de los ocho debates necesarios para su aprobación; sin embargo a partir del tercer debate algunos congresistas incluyeron en el texto disposiciones que les beneficiarían y les permitirían blindarse de la justicia, frente a ello las Cortes decidieron abandonar las discusiones.

[10]​ Su tarea consistía en unificar los textos aprobados por cada una de las dos cámaras del Congreso Colombiano; sin embargo el texto que resultó de la conciliación incluyó nuevos beneficios para los congresistas.

En Twitter el hashtag #SeMueveLaContraReforma logró convertirse en tendencia como evidencia de la indignación ciudadana.

[27]​ Este llamado a sesiones extraordinarias también generó gran polémica en la opinión pública pues la legislación colombiana no es clara en lo que respecta a la facultad del presidente para objetar actos legislativos; así algunos intérpretes de la ley afirmaron que el presidente sí podía objetar un acto legislativo,[28]​ y otros que el presidente únicamente tiene potestad para objetar proyectos de ley, no actos legislativos como la Reforma a la Justicia, y que por tanto el asistir a las sesiones extra convocadas por Santos constituiría un prevaricato.

[31]​ Este argumento fue acogido, entre otros, por los congresistas de la Unidad Nacional, quienes asistieron a las sesiones extraordinarias.