El gobierno del presidente Evo Morales y la Corte Nacional Electoral han denunciado la ilegalidad de la consulta refrendaría.
[1] Si bien cada departamento tendrá un Estatuto Autonómico separado, todos coinciden, según sus proponentes reconocerán como norma suprema la Constitución de Bolivia.
Con estos estatutos se preteden crear organismos e instituciones por medio de un Gobierno Departamental que haría desaparecer las prefecturas y una Asamblea Legislativa que sustituirá al Consejo Departamental; entre los puntos más controvertidos del proyecto estarían el control sobre las tierras e hidrocarburos de sus regiones, aunque en Pando y Tarija esto no se contempla, ya que esa asamblea tendrá la función de legislar y no solo de fiscalización como la mantenía el consejo.
[5] En horas de la noche al conocerse los resultados que daban como ganador la opción del Sí hubo algunas concentraciones para celebrar la victoria, mientras que el gobierno central dijo que solo representaba un rotundo fracaso porque estimaron una abstención entre el 40 y 50%,[6] El Estatuto debería entrar en vigencia el 26 de mayo.
La Corte Nacional Electoral ha manifestado que los resultados no serán considerados válidos, basándose en el artículo 12 de la Ley de Referéndum que establece que Corresponde a la Corte Nacional Electoral organizar y ejecutar el referéndum, y escrutar y declarar sus resultados.