El monasterio se ubica en el extremo oriental del casco histórico de Jaca, adosado al único tramo de la antigua muralla de la ciudad, derribada a comienzos del siglo XX.

Dos iglesias forman parte del monasterio: La de San Ginés, y la cripta primitiva o iglesia subterránea de Santa María, que también fue conocida como la iglesia de San Salvador.

La iglesia de San Ginés, o iglesia alta, fue cedida a las monjas por la cofradía de San Ginés en 1579.

La iglesia de Santa María es una estancia cubierta con bóveda y que se presentaba decorada con pinturas románicas.

Este sarcófago fue traído a Jaca desde Santa Cruz de la Serós en el año 1622 y es el mejor sepulcro del románico pleno que se ha conservado en la península ibérica.