Popovic debutó como entrenador en 2001, dirigiendo al TuS Arnfels que participaría en las categorías regionales de Austria.
A la siguiente temporada una vez colgadas las botas seguiría dirigiendo al modesto club solo por una campaña más.
Una vez adquirida cierta experiencia, marcha a su Serbia natal para ser el entrenador del FK Zlatibor Voda de la Srpska Liga, tercera categoría serbia, al que consigue ascender a la Prva Liga Srbija, la segunda división del país, al término de ésta el club se fusiona con el Spartak Subotica.
Con el mismo logra subir a la primera división o SuperLiga Serbia, consiguiendo así dos ascensos consecutivos.
En 2012 pasa al F. C. Tokyo de la J. League Division 1, en el que estará durante dos campañas, consiguiendo un 10.º y 8.º puesto en ambas.
Su último equipo en Japón sería el Cerezo Osaka,[2] club en el que entrenó a jugadores como Diego Forlán o Cacau, y al cual dirigió durante 2014 hasta el mes de junio, cuando fue destituido por los malos resultados.