Rafael estudió secundaria en el Colegio de la Asunción y luego dio clases de pintura en la Escuela de Bellas Artes junto a Rafael Romero Barros, clases que prosiguió luego en Madrid con Federico Madrazo.

Fue también alumno del historiador Luis María Ramírez de las Casas-Deza.

Trabajó en los Gobiernos Civiles de Ciudad Real, Huevla, Sevilla, Granada, Jaén, Toledo y Alicante, donde fue secretario del gobernador civil y miembro de la Sociedad Literaria de Alicante; tras dos años y medio fue trasladado a Málaga (1890-1894) y luego, al quedar cesante, marchó a Córdoba a dar clases de Historia del Arte en su reciente Escuela de Artes e Industrias.

En 1910 casó en Córdoba con la ovetense Carlota Canella y Fernández.

En Toledo, como secretario del gobierno civil, ayudó a su amigo el ingeniero Manuel Tovar Conde, a Vicente Cutanda, director de la Escuela de Artes, el militar José García Criado, Juan García Ramírez, Pedro Román, el canónigo Narciso Estenaga, Juan Moraleda y a muchos otros a fundar la Real Academia de Bellas Artes y Ciencias Históricas, de la que fue el primer director.