Don Rafael falleció al año siguiente, cuando su hijo tenía solo 8 años, lo que dejó a la familia en una situación de vulnerabilidad.

[2]​ Tras la muerte de su padre en 1884, Rafael fue matriculado en la escuela mixta que dirigía la educacionista Matilde Páez.

Terminado este período escolar, fue enviado al colegio Británico de Buenos Aires, en donde rindió su primer año en 1891.

Como estudiante de esta institución, se destacó por ser un aficionado a las letras y por su temprana militancia en los claustros escolares.

Cuando Núñez egresó de la universidad ya se encontraba afiliado al Partido Autonomista Nacional.

[2]​ En 1904 la Junta de Gobierno del Partido Nacional le ofreció una propuesta para sostener su candidatura a diputado provincial por el departamento Unión.

[2]​ Nuevamente fue elegido diputado por el departamento Unión, incorporándose de inmediato a la Cámara.

[2]​ En 1912 se fundó la “Concentración Popular” que proclamara la fórmula Cárcano-Garzón Maceda para el período gubernamental de 1913-1916.

Ese mismo año el gobernador Ramón J. Cárcano designó a Núñez como su ministro-secretario en la cartera de hacienda.

El ingeniero Argañaraz hirió a Núñez en la nariz y un antebrazo, resultando vencedor.

Los conflictos sociales, el avance de ideas liberales y socialistas en la esfera pública y el fortalecimiento del anticlericalismo canalizado a través del movimiento reformista pusieron en tela de juicio el acendrado conservadurismo que había permeado la sociedad cordobesa durante tantos años.

La flexibilidad del nuevo régimen electoral y del radicalismo, que ocupaba el gobierno nacional, ayudó a expandir ese clima de renovación y dinamismo que pugnaba por introducirse en diferentes ámbitos de la sociedad.

[2]​ En el mismo momento en que se conocía el triunfo del candidato demócrata, sectores del radicalismo comenzaron a hablar de la necesidad de la intervención federal en Córdoba.

Sin embargo, el presidente Hipólito Yrigoyen se opuso a dicho procedimiento declarando que: “...la elección de Córdoba está bien hecha y la situación que allí surja en tanto se amolde a los preceptos constitucionales contará con todo el apoyo del gobierno de la Nación”.

[2]​ Entre las iniciativas que pertenecen a su gobierno pueden mencionarse las siguientes: Durante su mandato se produjo el fortalecimiento de los conservadores demócratas.

[6]​ En 1921 los partidos conservadores provinciales conformaron una alianza electoral que denominaron la Concentración Nacional, para las elecciones presidenciales de 1922.

La Concentración determinó la fórmula para el período 1922-1928, integrada por Norberto Piñero y Rafael Núñez.

[2]​ Poco tiempo después inició una activa campaña de propaganda por el país, visitando las provincias de Tucumán, Santiago del Estero, Corrientes, Entre Ríos, Salta, Jujuy, La Rioja, San Luis y Mendoza.

[4]​ Las contradicciones evidenciadas en la Convención Constituyente no tardaron en trasladarse al partido y perturbar su dinámica interna.

Más aún, desafiando los intentos de algunos dirigentes “neutrales” y del mismo gobernador por lograr un consenso mínimo que salvara la integridad del partido y la estabilidad política, la fracción conservadora decidió continuar con mayoría absoluta en la Junta de Gobierno y designar como presidente de la misma a su líder, Rafael Núñez.

Visitó allí un cuartel donde muchos de los conscriptos estaban atacados por gripe y por aquella causa contrajo él también la enfermedad.