[1]​ Su padre Wilhelm Frühbeck nació en Pforzheim (Baden-Würtemberg), era óptico y se estableció en Burgos en los años veinte.

Fueron padres de tres hijos: Guillermo, Rafael y Carlos.

Rafael estudió violín, piano y composición musical en los conservatorios de música de Bilbao y Madrid.

Se graduó summa cum laude en dirección en la Hochschule für Musik de Múnich y ganó el premio Richard Strauss.

Destacan en su trayectoria los siguientes cargos o nombramientos: Desde septiembre de 2001 fue director jefe de la Orchestra Sinfonica Nazionale della RAI, y desde la temporada 2004-2005 director musical de la Dresdner Philharmonie.