Krunić inició su carrera en el club local Sutjeska Foča,[1]​ al cual se unió en 2003 jugando hasta 2013.

Cuatro fechas después, es decir el 30 de marzo, anotó su primer gol con el Donji Srem en la victoria por 3-0 sobre el Javor Ivanjica.

Aunque en la siguiente temporada su equipo se salvó por poco del descenso, Krunić ya se había asentado como titular, jugando 30 encuentros en total y marcando dos goles.

Krunić entonces acusó al agente Stevan Stojanović (exarquero del Estrella Roja), quien habría detenido la transferencia por sus propios intereses.

[5]​ A fines del mes finalmente Krunić se convirtió en nuevo jugador del Borac Čačak, también de la primera división serbia y recién ascendido.

En su primera temporada disputó solamente 15 encuentros, sin embargo anotaría su primer gol con el Empoli el 24 de octubre, en la victoria por 2-0 sobre el Genoa, por la Serie A.

Pese a que logró su mejor marca en Empoli anotando 5 goles y dando 6 asistencias en 34 encuentros, no pudo evitar el descenso nuevamente, el cual se dio en la última fecha del campeonato.