A partir de entonces los colonizadores se impusieron paulatinamente sobre la población nativa y convirtieron el territorio en una colonia castellana.
De esa manera se intentaba impedir que musulmanes y judíos conversos entraran en el gobierno.
Durante el siglo XVIII en la Nueva Granada hubo un gran número de pleitos judiciales en los que algunas personas pedían que no se les tratara como mestizos o mulatos (personas de descendencia mixta).
[3] La población mestiza (las llamadas "castas" en aquel periodo) estaba siendo objeto de una discriminación parecida a la que experimentaban los indígenas y afrodescendientes.
Algunas investigaciones recientes afirman que hubo actitudes racistas y casos de discriminación.
Tanto los grupos alzados en armas (las FARC-EP, el ELN, etc.) como los paramilitares y las mismas fuerzas del Estado han ejercido violencia contra las comunidades étnicas.
Esto ha generado disputas entre grupos armados por el control de la zona y sus recursos económicos.