Se emplea como maestro asistente sénior en el "School Board de Londres", en 1875, y renuncia en julio de 1879 para migrar a Australia.
El 15 de enero de 1888 Baker se emplea como curador asistente de Joseph Henry Maiden en el Museo Tecnológico, y en 1901 sucede a Maiden como curador y botánico economista.
En 1902 Baker publica una importante obra, A Research on the Eucalypts especially in regard to their essential oils, preparado en colaboración con Henry George Smith, con una 2ª ed, aumentada de 1920.
[1] Baker publica un libro, Building and Ornamental Stones of New South Wales (1908), y, de nuevo en colaboración con H. Smith, sacan una valorable pieza de estudio, The Pines of Australia (1910).
Smith publica Woodfibres of Some Australian Timbers (1924).