[4]​ En 1881, Fletcher decidió regresar a Australia y, antes de abandonar Inglaterra, preparó un Catalogue of Papers and Works relating to the Mammalian orders, Marsupialla and Monotremata, que se publicó en Sídney poco después de su llegada.

Como en Sídney no había vacantes para jóvenes científicos en ese período, por lo que Fletcher se unió al personal del Newington College, donde su padre aún era el director.

Pasó cuatro años en la escuela; y, fue un maestro exitoso, alentando a sus alumnos a descubrir cosas por sí mismos en lugar de simplemente tratar de recordar lo que su maestro les había dicho.

En sus últimos años, Fletcher dedicó cada vez más tiempo a la botánica e hizo un trabajo importante en acacias, grevilleas y Loranthaceae.

Fletcher murió repentinamente en su casa en Hunters Hill, Nueva Gales del Sur en 1926, dejando a su viuda.